Nadiren bazı yan etkiler görülebilir. Yaygın olmayan yan etkiler arasında kusma, ishal, üst karın rahatsızlığı, ağız kuruluğu ve iştahsızlık yer alır. Seyrek görülenler ise kafa karışıklığı, uyku hali, baş ağrısı, baş dönmesi, titreme, kas sertliği, yorgunluk, geçici bilinç kaybı, tat alma bozukluğu ve ciltte kaşıntı/döküntüdür. Çok seyrek olarak karaciğer iltihabı (hepatit) görülebilir. Eğer ataksi (koordinasyon bozukluğu), baş dönmesi veya zihinsel karışıklık yaşarsanız ilacı bırakıp hemen doktorunuza danışmalısınız. Yüksek doz veya uzun süreli kullanımda beyaz kan hücre sayısında azalma (lökopeni) görülebilir. Ayrıca karaciğer enzimlerinde artış veya ciddi karaciğer hasarı bildirilmiştir, bu durumda doktor takibi önemlidir.
Advers reaksiyonlar sıklık kategorilerine göre listelenmiştir. Yaygın olmayan reaksiyonlar: Kusma, diyare, epigastrik rahatsızlık, ağız kuruluğu ve iştahsızlık. Seyrek reaksiyonlar: Konfüzyon, uyku hali, baş ağrısı, baş dönmesi (vertigo dahil), tremor, rijidite, ataksi, nöbet, yorgunluk, geçici bilinç kaybı, periferal nöropati, bulantı, disgezi, kaşıntı, döküntü ve cilt reaksiyonları. Çok seyrek: Hepatit. Bilinmeyen sıklıkta: Lökopeni (yüksek doz/uzun süreli kullanımda), geri dönüşlü karaciğer enzimi yükselmesi (AST, ALT, ALP, GGT), kolestatik veya mikst tip hepatit, hepatoselüler hasar, sarılık ve pankreatit. Ornidazol kullanan hastalarda akut karaciğer yetmezliği ve karaciğer nakli gerektiren vakalar bildirilmiştir.
