Her ilaç gibi FLİXON'un da yan etkileri olabilir. En sık görülen yan etki ağızda ve boğazda pamukçuk oluşmasıdır (kandidiyazis). Bunu önlemek için ilacı kullandıktan sonra ağzınızı suyla çalkalayıp tükürün. KOAH hastalarında zatürre (pnömoni) riski artabilir. Ses kısıklığı veya ciltte kolay morarma da görülebilir. Daha seyrek olarak, uzun süreli ve yüksek dozlarda kullanıldığında Cushing sendromu belirtileri (yüzde yuvarlaklaşma, sırtta yağ birikimi, kemik erimesi gibi), adrenal bezlerin baskılanması, çocuklarda büyüme geriliği, katarakt, glokom, kan şekerinde artış (hiperglisemi) ve ruhsal değişiklikler (anksiyete, depresyon, uyku bozuklukları) görülebilir. Nadiren paradoksal bronkospazm (ani nefes darlığı ve hırıltı) oluşabilir, bu durumda ilacı hemen bırakıp doktorunuza başvurmalısınız. Eğer alerjik reaksiyon belirtileri (yüzde veya boğazda şişme, nefes darlığı, döküntü) yaşarsanız ilacı kullanmayı bırakıp acil tıbbi yardım almalısınız. Eğer herhangi bir yan etki yaşarsanız doktorunuza veya eczacınıza danışın.
                                         
                                                                                    
                                                En sık görülen yan etki (çok yaygın) ağız ve boğazda kandidiyazistir. Yaygın yan etkiler arasında KOAH hastalarında pnömoni, ses kısıklığı ve ciltte kontüzyon bulunur. Yaygın olmayan yan etki deri aşırı duyarlılık reaksiyonlarıdır. Çok seyrek yan etkiler arasında anjiyoödem, solunum belirtileri, anafilaktik reaksiyonlar, Cushing sendromu, Cushingoid özellikler, adrenal süpresyon, çocuklarda ve adölesanlarda büyüme geriliği, kemik mineral yoğunluğunda azalma, katarakt, glokom, hiperglisemi, anksiyete, uyku bozuklukları, hiperaktivite, irritabilite, davranış değişiklikleri (özellikle çocuklarda), paradoksal bronkospazm, dispepsi ve artralji yer alır. Bilinmiyor sıklığında depresyon ve agresyon bildirilmiştir.  FLİXON kullanımından sonra ağızın su ile çalkalanması ses kısıklığı ve pamukçuk oluşumunu azaltabilir. * Nadir durumlarda hiperglisemi görülebilir.