Her ilaç gibi ARTHROTEC'in de yan etkileri olabilir. En sık görülen yan etkiler mide rahatsızlığı, ishal, mide bulantısı ve hazımsızlıktır. İshal bazen şiddetli olabilir; bunu azaltmak için ilacı yemekle birlikte almanız önerilir. Mide koruyucu ilaç (antiasit) kullanıyorsanız, magnezyumlu olanlardan kaçının çünkü ishali artırabilir. Baş ağrısı, sersemlik, uykusuzluk ve cilt döküntüsü de görülebilir. Nadiren ciddi yan etkiler olabilir: Bunlar şiddetli mide ağrısı, kanlı dışkı, kan kusma, ciddi deri reaksiyonları (Stevens-Johnson sendromu gibi), sarılık, enfeksiyon belirtileri (üşüme, ateş) veya nefes almada güçlük olabilir. Bu tür ciddi yan etkilerden herhangi birini yaşarsanız hemen doktorunuza başvurmalısınız.
                                         
                                                                                    
                                                Çok yaygın (≥1/10): Mide ağrısı, ishal, mide bulantısı, dispepsi. Yaygın (≥1/100, <1/10): Kusma, gaz, kabızlık, geğirme, gastrit, döküntü, kaşıntı, baş ağrısı, sersemlik, uyku bozukluğu, karaciğer fonksiyon testlerinde değişiklik. Yaygın olmayan (≥1/1000, <1/100): Ağız şişliği, anormal vajinal kanama, trombositopeni, purpura, ürtiker. Seyrek (≥1/10000, <1/1000): Karaciğer iltihabı, sarılık, aşırı duyarlılık reaksiyonları, yüz ve boğazda şişme. Çok seyrek (<1/10000): Şiddetli karaciğer hastalıkları. Bilinmiyor: Kardiyak yetmezlik, göğüs ağrısı, miyokard enfarktüsü, ülseratif kolit veya Crohn hastalığının alevlenmesi, gastrointestinal kanama/perforasyon, pankreatit, böbrek yetmezliği, astım, konvülsiyonlar, alerjik reaksiyonlar, menenjit belirtileri, psikotik reaksiyonlar, vb. Ciddi yan etkiler (örn. Gastrointestinal kanama/perforasyon, Stevens-Johnson sendromu, anafilaktik şok) acil tıbbi müdahale gerektirebilir.